Η Πρυτανεία και πολλές από τις διοικητικές υπηρεσίες του Ιδρύματος βρίσκονται στην καρδιά της πόλης, καθώς επίσης και το αναπαλαιωμένο ιστορικό κτήριο της Νομικής Σχολής, ορισμένα τμήματα του Πανεπιστημίου και άλλα σημαντικά κτήρια του ΕΚΠΑ, όπως η Φοιτητική Λέσχη, η οποία στεγάζεται σε νεοκλασικό κτήριο της οδού Ιπποκράτους, το παλαιό Χημείο, το οποίο έχει ανακαινιστεί, το Εντευκτήριο του διδακτικού προσωπικού, το οποίο στεγάζεται στο ανακαινισμένο κτήριο «Κωστής Παλαμάς». Κοντά στο κέντρο της Αθήνας βρίσκεται η Πανεπιστημιούπολη Ιλισίων, η οποία εκτείνεται σε 1.300 στρέμματα και στεγάζει τη Φιλοσοφική και τη Θεολογική Σχολή, καθώς και τη Σχολή Θετικών Επιστημών και το Τμήμα Φαρμακευτικής. Στο Γουδί είναι εγκατεστημένη η Ιατρική Σχολή, καθώς και τα άλλα Τμήματα της Σχολής των Επιστημών Υγείας, δηλαδή το Τμήμα Οδοντιατρικής και το Τμήμα Νοσηλευτικής.