Σύμφωνα με το θεσμικό πλαίσιο που ισχύει για τα Α.Ε.Ι., τα όργανα που ασκούν τη διοίκηση του Πανεπιστημίου Αθηνών είναι το Συμβούλιο Ιδρύματος, ο Πρύτανης και η Σύγκλητος.