Το Πανεπιστήμιο Αθηνών, το οποίο εγκαινιάστηκε στις 3 Μαΐου του 1837, αρχικά στεγάστηκε σε ένα νεοκλασικό κτήριο στη βορειοανατολική πλευρά της Ακρόπολης, το οποίο στις μέρες μας έχει ανακαινιστεί και λειτουργεί ως Μουσείο του Πανεπιστημίου. Αρχικά ονομάστηκε «Οθωνικό Πανεπιστήμιο» από το όνομα του πρώτου βασιλιά της Ελλάδας Όθωνα και αποτελούνταν από 4 ακαδημαϊκά Τμήματα και 52 φοιτητές. Καθώς αποτελούσε το πρώτο Πανεπιστήμιο του νεοσύστατου νεοελληνικού κράτους, αλλά και της ευρύτερης βαλκανικής και μεσογειακής περιοχής, απέκτησε σημαντικό κοινωνικο-ιστορικό ρόλο, ο οποίος υπήρξε καθοριστικός για την παραγωγή συγκεκριμένης γνώσης και πολιτισμού μέσα στη χώρα.
Το 1841 οι διοικητικές υπηρεσίες και τα εκπαιδευτικά Τμήματα μεταφέρθηκαν στο σημερινό ευρέως γνωστό ως «κεντρικό κτήριο» του Πανεπιστημίου Αθηνών, το οποίο το 1932 ονομάστηκε επίσημα Εθνικό και Καποδιστριακό Πανεπιστήμιο Αθηνών, προς τιμή του Ιωάννη Καποδίστρια, του πρώτου Κυβερνήτη της Ελλάδας μετά την απελευθέρωση του έθνους. Σήμερα, σε αυτό το κτήριο στεγάζονται η Πρυτανεία, η Σύγκλητος, η Μεγάλη Αίθουσα Τελετών και άλλες σημαντικές κεντρικές υπηρεσίες. Το προαύλιό του (τα προπύλαια) έχει κοινωνικο-ιστορική αξία, καθώς έχει γίνει τόπος πολιτικών συγκεντρώσεων, κοινωνικης διαμαρτυρίας και διαδηλώσεων φοιτητών/τριών και άλλων κοινωνικών ομάδων που συμμετέχουν σε κινήματα υπεράσπισης των κοινωνικών δικαιωμάτων.
Ως τις αρχές του 20ού αιώνα το Πανεπιστήμιο Αθηνών ήταν το μοναδικό πανεπιστήμιο στην Ελλάδα, το οποίο παρείχε στην ελληνική κοινωνία διπλωματούχους επιστήμονες στην ιατρική, στις φυσικές και κοινωνικές επιστήμες, στη νομική και τα οικονομικά, στην αρχαιολογία και την εκπαίδευση καθώς και στον κλήρο. Στα πολλά χρόνια λειτουργίας του έχει προσφέρει στη χώρα ένα κέντρο πνευματικής παραγωγής, παρακινώντας τη λειτουργία κύκλων διανοουμένων μέσα και έξω από τους χώρους του. Στις μέρες μας εξακολουθεί να προσφέρει σημαντικές κοινωνικές υπηρεσίες, καθώς το επιστημονικό και διδακτικό προσωπικό του συχνά συμμετέχει σε εθνικές και διεθνείς επιτροπές, διεκπεραιώνει εκπαιδευτικά και άλλα ερευνητικά έργα, οργανώνει και συμμετέχει σε σεμινάρια για ποικίλες κοινωνικές ομάδες, πολλές φορές παράλληλα με την πλήρη απασχόλησή του στο Πανεπιστήμιο. Μία από τις σημαντικότερες συνεισφορές του αφορά στο χώρο της εθνικής υγείας, καθώς οι φοιτητές/τριες των επιστημών υγείας που κάνουν την πρακτική τους προσφέρουν τις ιατρικές τους υπηρεσίες στο κοινό, κάτω από την επίβλεψη του διδακτικού προσωπικού.
Το Πανεπιστήμιο Αθηνών, ίσως το πανεπιστήμιο με το μεγαλύτερο κύρος στη χώρα, έχει καθιερώσει τη δική του παράδοση στο χώρο των επιστημών και της δημιουργικής συμμετοχής στο κοινωνικό γίγνεσθαι.
Το Πανεπιστήμιο Αθηνών έρχεται σήμερα αντιμέτωπο με πολλές προκλήσεις βάσει των οποίων θέτει σταδιακά νέους στόχους για παροχή ίσων ευκαιριών στην εκπαίδευση του μεγάλου αριθμού των φοιτητών/τιρών του, ώστε να αποκτήσουν τις απαιτούμενες γνώσεις και να αναπτύξουν τις ικανότητες που θα τους καταστήσουν δημιουργικούς επιστήμονες και ικανούς επαγγελματίες στη σημερινή ραγδαία εξελισσόμενη κοινωνία, η οποία αποτελεί μέρος της ευρύτερης Ευρωπαϊκής κοινότητας. Αντιδρώντας στην εμπορευματοποίηση των πανεπιστημιακών σπουδών και στην ανάπτυξη ενός άκρως ανταγωνιστικού συστήματος που απαντάται στα ιδρύματα της τριτοβάθμιας εκπαίδευσης πολλών δυτικών χωρών στις μέρες μας, αποποιείται τον παραδοσιακό του ρόλο στην παραγωγή μιας ελίτ διανοούμενων. Το Πανεπιστήμιο Αθηνών, αναγνωρίζοντας τη σπουδαιότητα της ανάπτυξης του ανθρώπινου δυναμικού, αποσκοπεί στην δημιουργία ισχυρότερων δεσμών ανάμεσα στον κόσμο της παραγωγής και της κατανάλωσης της γνώσης, συνεισφέροντας με αυτόν τον τρόπο στην κοινωνική, πολιτισμική και οικονομική ανάπτυξη της χώρας.
Ανταποκρινόμενο στις καινούργιες προκλήσεις, κάποια από τα σημαντικά βήματα που έχει κάνει το Πανεπιστήμιο Αθηνών για τη ραγδαία ανάπτυξή του είναι:
Το προφίλ του Πανεπιστημίου Αθηνών αλλάζει και ευελπιστεί να παίξει ουσιαστικό ρόλο στην κινητικότητα των πολιτών καθώς και στην κοινωνική αλλαγή.