- Βιοπληροφορική
- Βιο-οικονομία, Διαπανεπιστημιακό-Διιδρυματικό ΠΜΣ σε συνεργασία με το Τμήμα Οικονομικής Επιστήμης του Πανεπιστημίου Πειραιώς.
- Διδακτική της Βιολογίας
- Εφαρμογές της Βιολογίας στην Ιατρική, σε συνεργασία με το Τμήμα Ιατρικής.
- Εφαρμοσμένη Γενετική και Βιοτεχνολογία
- Κλινική Βιοχημεία - Μοριακή Διαγνωστική, σε συνεργασία με το Τμήμα Χημείας και το Τμήμα Νοσηλευτικής.
- Μικροβιακή Βιοτεχνολογία
- Νευροεπιστήμες, Διεθνές πρόγραμμα μεταπτυχιακών σπουδών του Τμήματος Βιολογίας, του Τμήματος Νοσηλευτικής, του Τμήματος Οδοντιατρικής και της Ιατρικής Σχολής του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών, σε συνεργασία με το Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών (ΙΙΒΕΑΑ), το Ελληνικό Ινστιτούτο Παστέρ (Ε.Ι.Π.), το Ερευνητικό Κέντρο Βιοϊατρικών Επιστημών "Αλέξανδρος Φλέμινγκ" (Ε.ΚΕ.Β.Ε. Α. Φλέμινγκ) και το Εθνικό Κέντρο Έρευνας Φυσικών Επιστημών «Δημόκριτος» (Ε.ΚΕ.Φ.Ε. ΔΗΜΟΚΡΙΤΟΣ) (Αγγλόφωνο)
- Οικολογία και Διαχείριση Βιοποικιλότητας
- Ωκεανογραφία και Διαχείριση Θαλασσίου Περιβάλλοντος, Διατμηματικό ΠΜΣ σε συνεργασία με τα Τμήματα Γεωλογίας και Γεωπεριβάλλοντος, Φυσικής και Χημείας.
- Μαθηματικά (M.Sc. In Mathematics)
- Αλγόριθμοι, Λογική και Διακριτά Μαθηματικά, Διαπανεπιστημιακό ΠΜΣ από κοινού με το Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών του Πανεπιστημίου Αθηνών και τις Σχολές Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών (Ε.Μ.Φ.Ε.) και Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών (Η.Μ.Μ.Υ.) του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου.
- Βιοστατιστική, Διαπανεπιστημιακό ΠΜΣ από κοινού με την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών και το Τμήμα Μαθηματικών του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων.
- Διδακτική και Μεθοδολογία των Μαθηματικών, Διαπανεπιστημιακό ΠΜΣ σε συνεργασία με το Τμήμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας της Επιστήμης , το Τμήμα Φιλοσοφίας, Παιδαγωγικής και Ψυχολογίας και τα Τμήματα Μαθηματικών, Στατιστικής και Επιστημών της Αγωγής του Πανεπιστημίου της Κύπρου.
- Λογική και Θεωρία Αλγορίθμων και Υπολογισμού, Διαπανεπιστημιακό ΠΜΣ από κοινού με το Τμήμα Πληροφορικής και το Τμήμα ΜΙΘΕ του Πανεπιστημίου Αθηνών, το Τμήμα Ηλεκτρολόγων και Μηχανικών Υπολογιστών του ΕΜΠ, τη Σχολή Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών του ΕΜΠ και το Τμήμα Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής του Πανεπιστημίου Πατρών.
- Μαθηματικά της Αγοράς και της Παραγωγής, Διαπανεπιστημιακό ΠΜΣ από κοινού με το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αθηνών και το Τμήμα Πληροφορικής του Οικονομικού Πανεπιστημίου Αθηνών.
- ΠΜΣ Τμήματος Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνίες σε επτά ειδικεύσεις.
- Γνωσιακή Επιστήμη, Διατμηματικό ΠΜΣ σε συνεργασία με το Τμήμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας της Επιστήμης, το Τμήμα Ψυχολογίας και το Τμήμα Φιλολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών.
- Αλγόριθμοι, Λογική και Διακριτά Μαθηματικά, Διαπανεπιστημιακό ΠΜΣ από κοινού με το Τμήμα Μαθηματικών του Πανεπιστημίου Αθηνών και τις Σχολές Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών (Ε.Μ.Φ.Ε.) και Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών (Η.Μ.Μ.Υ.) του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου.
- Ηλεκτρονικής, Ραδιοηλεκτρολογίας και Αυτοματισμού, Διατμηματικό ΠΜΣ σε συνεργασία με το Τμήμα Φυσικής. με δύο κατευθύνσεις: Ειδίκευση στην Ραδιοηλεκτρολογία/Ηλεκτρονική και Ειδίκευση στον Ηλεκτρονικό Αυτοματισμό.
- Λογική και Θεωρία Αλγορίθμων και Υπολογισμού, Διαπανεπιστημιακό ΠΜΣ από κοινού με το Τμήμα Μαθηματικών και το Τμήμα Ιστορίας και Φιλοσοφίας της Επιστήμης του Πανεπιστημίου Αθηνών, το Τμήμα Ηλεκτρολόγων και Μηχανικών Υπολογιστών του ΕΜΠ, τη Σχολή Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών του ΕΜΠ και το Τμήμα Μηχανικών Η/Υ και Πληροφορικής του Πανεπιστημίου Πατρών.
- Μικροηλεκτρονική, σε συνεργασία με το Τμήμα Φυσικής, το Ερευνητικό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο Συστημάτων Επικοινωνιών και Υπολογιστών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου, το Ινστιτούτο Μικροηλεκτρονικής του Εθνικού Κέντρου Έρευνας Φυσικών Επιστημών "Δημόκριτος" και το Institut National Polytechnique de Grenoble.
- Οικονομική και Διοίκηση των Τηλεπικοινωνιακών Δικτύων, Διατμηματικό ΠΜΣ σε συνεργασία με το Τμήμα Οικονομικών Επιστημών.
- Οργάνωση και Διοίκηση Υπηρεσιών Υγείας - Πληροφορική της Υγείας, Διαπανεπιστημιακό ΠΜΣ σε συνεργασία με Τμήματα Νοσηλευτικής και Οικονομικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Αθηνών, τα Τμήματα Πληροφορικής, Ψηφιακών Συστημάτων και Βιομηχανικής Διοίκησης και Τεχνολογίας του Πανεπιστημίου Πειραιώς.
- Τεχνολογίες Πληροφορικής στην Ιατρική και τη Βιολογία, Διιδρυματικό ΠΜΣ σε σύμπραξη με το ΤΕΙ Αθήνας και σε συνεργασία με το Ίδρυμα Ιατροβιολογικών Ερευνών της Ακαδημίας Αθηνών (ΙΙΒΕΑΑ) και το Ινστιτούτο Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών του ΕΚΕΦΕ Δημόκριτος.
- ΠΜΣ Τμήματος Φυσικής
- Ηλεκτρονικής, Ραδιοηλεκτρολογίας και Αυτοματισμού, Διατμηματικό ΠΜΣ σε συνεργασία με το Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών. με δύο κατευθύνσεις: Ειδίκευση στην Ραδιοηλεκτρολογία/Ηλεκτρονική και Ειδίκευση στον Ηλεκτρονικό Αυτοματισμό.
- Ιατρική Φυσική – Ακτινοφυσική, Διαπανεπιστημιακό - Διατμηματικό ΠΜΣ, σε συνεργασία με την Ιατρική Σχολή του Πανεπιστημίου Αθηνών, τα Τμήματα Ιατρικής του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης, του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων, του Δημοκρίτειου Πανεπιστημίου Θράκης και του Πανεπιστημίου Κρήτης, καθώς και με την Ελληνική Επιτροπή Ατομικής Ενέργειας (Ε.Ε.Α.Ε) και το Ε.ΚΕ.Φ.Ε «Δημόκριτος».
- Μικροηλεκτρονική, σε συνεργασία με το Τμήμα Πληροφορικής και Τηλεπικοινωνιών, το Ερευνητικό Πανεπιστημιακό Ινστιτούτο Συστημάτων Επικοινωνιών και Υπολογιστών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου, το Ινστιτούτο Μικροηλεκτρονικής του Εθνικού Κέντρου Έρευνας Φυσικών Επιστημών "Δημόκριτος" και το Institut National Polytechnique de Grenoble.
- Ναυτική και Θαλάσσια Τεχνολογία και Επιστήμη, Διατμηματικό ΠΜΣ σε συνεργασία με τις Σχολές Ναυπηγών Μηχανολόγων Μηχανικών, Μηχανολόγων Μηχανικών, Αγρονόμων Τοπογράφων Μηχανικών, Ηλεκτρολόγων Μηχανικών και Μηχανικών Υπολογιστών και Εφαρμοσμένων Μαθηματικών και Φυσικών Επιστημών του Εθνικού Μετσόβιου Πολυτεχνείου καθώς και του Εθνικού Κέντρου Θαλάσσιων Ερευνών (ΕΚΘΕ).
- Ωκεανογραφία και Διαχείριση Θαλασσίου Περιβάλλοντος, Διατμηματικό ΠΜΣ σε συνεργασία με τα Τμήματα Βιολογίας, Γεωλογίας και Γεωπεριβάλλοντος και Χημείας.