Τo χρονικό διάστημα 1996-2008 από το Επιχειρησιακό πρόγραμμα (ΕΠΕΑΕΚ) του Υπουργείου Παιδείας ενισχύονται πιλοτικές δράσεις για την παροχή νέων υπηρεσιών που οδηγούν στην ουσιαστική αναβάθμιση των υποδομών των Βιβλιοθηκών.

Στο πλαίσιο αυτό, αφού εξασφαλίστηκαν πόροι από το ανωτέρω πρόγραμμα οι υπάρχουσες βιβλιοθήκες τμημάτων και τομέων υπάγονται διοικητικά και λειτουργικά σε μία από τις ακόλουθες οκτώ Βιβλιοθήκες Σχολών:

1. Βιβλιοθήκη της Σχολής Επιστημών της Αγωγής, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και τις απαιτήσεις του Παιδαγωγικού Τμήματος Δημοτικής Εκπαίδευσης και του Τμήματος Εκπαίδευσης και Αγωγής στην Προσχολική Ηλικία. Επιπλέον, σε αυτήν εντάσσονται τα Φοιτητικά Αναγνωστήρια της Πανεπιστημιακής Λέσχης.
2. Βιβλιοθήκη της Σχολής Επιστημών Υγείας, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και τις απαιτήσεις των Τμημάτων Ιατρικής, Νοσηλευτικής και Οδοντιατρικής.
3. Βιβλιοθήκη της Σχολής Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και τις απαιτήσεις του Τμήματος Επιστήμης Φυσικής Αγωγής και Αθλητισμού. 
4. Βιβλιοθήκη της Θεολογικής Σχολής, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και τις απαιτήσεις των Τμημάτων της Θεολογικής Σχολής. 
5. Βιβλιοθήκη της Σχολής Θετικών Επιστημών, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και τις απαιτήσεις των Τμημάτων της Σχολής Θετικών Επιστημών και του Τμήματος Φαρμακευτικής. 
6. Βιβλιοθήκη της Νομικής Σχολής, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και τις απαιτήσεις της Νομικής Σχολής. 
7. Βιβλιοθήκη της Σχολής Οικονομικών και Πολιτικών Επιστημών, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και τις απαιτήσεις των Τμημάτων Επικοινωνίας και Μέσων Μαζικής Ενημέρωσης, Οικονομικών Επιστημών, Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης, Τουρκικών Σπουδών και Σύγχρονων Ασιατικών Σπουδών. 
8. Βιβλιοθήκη της Φιλοσοφικής Σχολής, η οποία καλύπτει τις ανάγκες και τις απαιτήσεις των Τμημάτων της Φιλοσοφικής Σχολής.